W 1969 ks. Antoni Jagłowski ukończył 78 lat plus wewnątrz sierpniu tegoż roku przeszedł na emeryturę. Biskup Józef Drzazga jeszcze raz zgłosił kandydaturę ks. Borkowskiego na urząd proboszcza (w uzasadnieniu biskup podkreślał, że Borkowski jest kanonikiem, co miało szczególne znaczenie pod obsadzie prestiżowej katedralnej parafii) oraz znowu została płeć słaba odrzucona na wskroś władze na szczeblu wojewódzkim. Kandydat znany był z bezkompromisowej postawy wobec władz, natomiast trzy lata przedtem był zatrzymany wskroś milicję w środku trakcie transportu kopii obrazu Matki Boskiej Częstochowskiej z Jasnej Góry na uroczystości milenijne do Fromborka. Tym w sumie jakkolwiek uznanie lokalna została uchylona wskroś władze w środku Warszawie po odwołaniu biskupa Drzazgi dodatkowo Borkowski objął parafię. Pozostał na jej czele na wskroś 28 lat (przeszedł na emeryturę wewnątrz czerwcu 1997), był jednym z najdłużej pełniących funkcję proboszczów wobec katedrze olsztyńskiej - po kanoniku Augustynie Karau, którego 32-letnie zwierzchnictwo przypadło na lata 1865-1897. Wraz z nominacją na proboszcza ks. Borkowski objął funkcję dziekana dekanatu Olsztyn-Południe, zakończył przeciwnie zaś pracę wewnątrz kurii na stanowisku referenta ds. nauczania.